USEフラグにdracutが入っていたせいでsystemdが必要になっていたらしい。

sudo USE='-dracut' emerge -av sys-apps/flatpakだと、とりあえずインストールできそう。ちょっとやってみよう。versoがインストールできればわりと熱いように思う。ただ「普段使い」はまだできないと予想。