@nprofile1q... с нюансами, и скорее всего вообще не потому, почему ты предполагал, но прав.
Потому что "отсутствие шифрования" at rest — т. е. на сервере, на диске. До сообщений могут дотянуться все, кто может дотянуться до сервера. Технически на диске они могут быть даже зашифрованы, но если ключом на самом сервере, это для вопроса то же самое, что шифрования нет.
Но что до перехвата транзитного трафика СОРМами — там сложнее. Соединение до сервера всё ещё шифруется TLS'ом, где давно достигнут perfect forward secrecy, т. е. если никакая из сторон ключи соответствующей TLS-сессии не записала, вскрыть её можно, только вскрыв криптографию, на которой она построена. Т. е. сегодня нереально.
Но.
В Матриксе комнаты, помнится, дублируются между всеми хоумсерверами участников. Поэтому присоединение одного участника через сервер в России приведёт к законной доступности сообщений органам в России. Метаданных там будет мало, т. к. сообщения от других серверов придут, но содержимое — будет.